Il comune di Codigoro si estende nella parte più orientale della provincia di Ferrara, nel Parco del Delta del Po.
Ultima propaggine ad est della Pianura Padana, Codigoro si colloca tra le Valli di Comacchio e la costa del Mare Adriatico. È attraversato, in direzione ovest-est e fino alla foce, dal Po di Volano.
Fino agli anni sessanta del secolo scorso il territorio era caratterizzato da ampie distese palustri che, nel corso del tempo, sono state completamente bonificate (salvo i pochi ettari rimasti delle Valli di Caneviè e di Porticino).
Oggi è attraversato da una fitta rete di canali, un tempo in parte navigabili, utilizzati per l’irrigazione e lo scolo dei vastissimi campi coltivati intensivamente. Sono tuttavia ancora presenti tracce residuali di boschi e pinete dell’antico apparato deltizio padano.